益生菌在目前保健食品的市場是相當快速成長的領域之一，隨著大量研究的展開，您可能會不知道該如何選擇最適合您的益生菌菌株。我們列出了一般常見的益生菌問題提供給您參考（見下文）。
當含有一種以上的益生菌保健品通常也被稱為多株益生菌。一般來說，多株益生菌作為日常保健品是一個不錯的選擇，可以支持腸道健康。絕大多數高品質的多株益生菌產品大約都包含5～6種不同的菌株，大家應該會有疑問為什麼不是10~15種菌株呢？您可能會認為益生菌保健品內的菌株一定是越多越好而菌數越高越好，但事實並非如此。
美國西雅圖大學的Lynne McFarland博士擔任過同專業領域的評審，有審查超過150篇以上的文獻，並從目前的研究數據中得到的結論當增加更多的益生菌菌株，並不見得能對所有的疾病都產生好的結果1，但她也表明使用多株益生菌的好處有可能可以更廣泛的影響不同面向的健康。單菌株或多菌株益生菌顯然各有各的優點，前者可以更穩定，後者有可能提供更多不同面向的益處，具體取決於所使用的菌株和目的。
迄今為止在選擇正確的益生菌保健品時，最重要的還是所用的益生菌菌株的品質以及確認菌株背後的是否有其臨床試驗佐證，以此方式才可幫助您選擇正確的菌株。
大家常會有的疑問，如果每天食用益生菌的話，自身的消化系統是否會變得“怠惰”呢？請放心益生菌不會像瀉藥那樣導致腸道變得“怠惰”並依賴它們才能發揮作用。目前沒有研究發現人體會因為益生菌而有依賴性的問題。
外要服用過多的益生菌或益生菌“過量”是一件極其困難的事情。人類腸道約有40萬億個菌，而市場上大部分的保健品每一份約含有 30~700 億個活菌（取決於產品）。優格通常每一克僅含有100~1000萬的活菌。鑑於天然腸道內的菌群含有約400000億，其菌數量遠大於吃進的量，很容易可以理解為什麼服用益生菌保健品（即使是高劑量）對我們幾乎是不會有風險的。
長期食用益生菌絕對是沒有危險的。
益生菌是相當安全且天然的保健品，幾乎沒有食用的禁忌，但有特定族群的人就建議要小心考慮是否要補充活菌了，像是：免疫功能不佳（或正在服用免疫抑製藥物）的人，或是有血便的人。在這種情況下，就建議要先尋問醫生的建議會比較明智。
在過去的一年內COVID-19的疫情快速推進了許多臨床研究。隨著全球的學術界互相競爭研究各個面向，希望能更了解該病毒，並為減緩其傳播速度而努力。在這些研究中，有幾項研究發現 SARS-CoV-2 病毒（導致COVID-19的病毒）與人體腸道微生物群之間可能有關聯性。
全球新聞報導一項發表的臨床研究，此研究建立了人體菌相的組成和COVID-19症狀嚴重程度之間的關聯性2。一旦了解了COVID-19 病毒與腸道菌相健康之間建立的關聯性，我們就可以大膽的猜測益生菌是否可能在疫情的臨床中發揮作用。
於2021年4月英國醫學雜誌發表了一項觀察性縱向研究3。該研究中發現服用特定保健食品，其中包含了益生菌，會對在COVID-19快篩檢測呈陽性的風險有影響。其研究調查總共包含有140萬名ZOE COVID Symptom Study App 的用戶。在那些服用益生菌的研究參與者中發現快篩陽性的風險會降低。在所有的保健品內，益生菌與 COVID-19 病毒快篩陽性的風險是最低的。
儘管益生菌可以幫助對抗COVID-19仍有待更近一步的證實，但目前可以確定的是維持健康的腸道微生物菌相在正常免疫功能中起著重要作用。
