益生菌在目前保健食品的市场是相当快速成长的领域之一，随着大量研究的展开，您可能会不知道该如何选择最适合您的益生菌菌株。我们列出了一般常见的益生菌问题提供给您参考（见下文）。
当含有一种以上的益生菌保健品通常也被称为多株益生菌。一般来说，多株益生菌作为日常保健品是一个不错的选择，可以支持肠道健康。绝大多数高品质的多株益生菌产品大约都包含5～6种不同的菌株，大家应该会有疑问为什么不是10~15种菌株呢？您可能会认为益生菌保健品内的菌株一定是越多越好而菌数越高越好，但事实并非如此。
美国西雅图大学的Lynne McFarland博士担任过同专业领域的评审，有审查超过150篇以上的文献，并从目前的研究数据中得到的结论当增加更多的益生菌菌株，并不见得能对所有的疾病都产生好的结果1，但她也表明使用多株益生菌的好处有可能可以更广泛的影响不同面向的健康。单菌株或多菌株益生菌显然各有各的优点，前者可以更稳定，后者有可能提供更多不同面向的益处，具体取决于所使用的菌株和目的。
迄今为止在选择正确的益生菌保健品时，最重要的还是所用的益生菌菌株的品质以及确认菌株背后的是否有其临床试验佐证，以此方式才可帮助您选择正确的菌株。
大家常会有的疑问，如果每天食用益生菌的话，自身的消化系统是否会变得“怠惰”呢？请放心益生菌不会像泻药那样导致肠道变得“怠惰”并依赖它们才能发挥作用。目前没有研究发现人体会因为益生菌而有依赖性的问题。
外要服用过多的益生菌或益生菌“过量”是一件极其困难的事情。人类肠道约有40万亿个菌，而市场上大部分的保健品每一份约含有 30~700 亿个活菌（取决于产品）。优格通常每一克仅含有100~1000万的活菌。鉴于天然肠道内的菌群含有约400000亿，其菌数量远大于吃进的量，很容易可以理解为什么服用益生菌保健品（即使是高剂量）对我们几乎是不会有风险的。
长期食用益生菌绝对是没有危险的。
益生菌是相当安全且天然的保健品，几乎没有食用的禁忌，但有特定族群的人就建议要小心考虑是否要补充活菌了，像是：免疫功能不佳（或正在服用免疫抑制药物）的人，或是有血便的人。在这种情况下，就建议要先寻问医生的建议会比较明智。
在过去的一年内COVID-19的疫情快速推进了许多临床研究。随着全球的学术界互相竞争研究各个面向，希望能更了解该病毒，并为减缓其传播速度而努力。在这些研究中，有几项研究发现 SARS-CoV-2 病毒（导致COVID-19的病毒）与人体肠道微生物群之间可能有关联性。
全球新闻报导一项发表的临床研究，此研究建立了人体菌相的组成和COVID-19症状严重程度之间的关联性2。一旦了解了COVID-19 病毒与肠道菌相健康之间建立的关联性，我们就可以大胆的猜测益生菌是否可能在疫情的临床中发挥作用。
于2021年4月英国医学杂志发表了一项观察性纵向研究3。该研究中发现服用特定保健食品，其中包含了益生菌，会对在COVID-19快筛检测呈阳性的风险有影响。其研究调查总共包含有140万名ZOE COVID Symptom Study App 的用户。在那些服用益生菌的研究参与者中发现快筛阳性的风险会降低。在所有的保健品内，益生菌与 COVID-19 病毒快筛阳性的风险是最低的。
尽管益生菌可以帮助对抗COVID-19仍有待更近一步的证实，但目前可以确定的是维持健康的肠道微生物菌相在正常免疫功能中起着重要作用。
